Eu reinstalei o Ubuntu e particionei a unidade da seguinte forma:
1º fat32 5 GB
2º EXT4 (Ubuntu) 52GB
3ª área de troca 5GB
O Windows reconhece a unidade de 5 GB e é tudo o que eu precisava. Então, pelo que eu entendo janelas não podem olhar passado a primeira partição, se não estiver em um formato "amigável do Windows".