No seu lugar, eu faria assim:
- Instale o sistema no SSD,
- Mantenha o / home montado no disco rígido
As linhas relevantes do fstab seriam mais ou menos assim:
/dev/sda1 / ext4 noatime,nodiratime,errors=remount-ro 0 1
/dev/sdb1 /home ext4 noatime,nodiratime,defaults 0 2