O principal problema parece ser que você está instalando o Linux usando o modo UEFI, que converterá automaticamente o esquema de partição para GPT, o que é necessário para o UEFI.
Se você deseja manter o Windows e o Linux no BIOS legado, simplesmente certifique-se de estar inicializando no modo não-UEFI. Exatamente como você faz isso depende da sua placa-mãe. Normalmente, quando você seleciona as opções de inicialização, haverá listagens que mostram opções UEFI com opções UEFI:
e não UEFI sem.