O Windows é ganancioso e reescreve o registro mestre de inicialização para apontar apenas para si mesmo, fazendo com que ele passe pelo GRUB e pelo Ubuntu. Normalmente, o Ubuntu deve ser instalado após o Windows, mas está tudo bem.
Grave este .iso em um disco e carregue-o e execute-o após a instalação do Windows. Ele irá restaurar o log de inicialização e você verá o GRUB novamente e tudo ficará feliz.