O problema foi que instalei o Nemo e desde então ele estava manipulando o desktop. Eu desativei em algum momento, não deixando nenhum outro aplicativo para lidar com isso, porque o gerenciador de arquivos padrão já foi desinstalado. Eu fiz Nemo novamente o manipulador de desktop.
Para que o nemo funcione na área de trabalho como normalmente nautilus , verifique esta resposta