nohup significa literalmente no hang up ie. faça o processo ignorar o fechamento do terminal. Se você não usar nohup , seu processo será eliminado quando você fechar o terminal (logout).
& significa run in background . Suas teclas pressionadas vão para o processo em primeiro plano. Então, se você usar & , o processo que você iniciar não receberá as teclas pressionadas.
A desvantagem do que você propõe (para executar cada processo em um terminal sobressalente) é que você ficará sem terminais sobressalentes. Você pode querer usar o screen , que permite criar terminais dinamicamente ( ctrl-a c ). Então você pode iniciar todos os processos em um terminal diferente. Você também pode tornar o buffer de rolagem enorme (por exemplo, 5000 linhas) para que você possa rolar para trás e ver todos os dados de log sem ter que redirecioná-lo para os arquivos.