Para se conectar ao seu contêiner de aplicativos
dokku run <app-name> bash
Então
apt-get update
apt-get install <package>
P.S. Outra maneira de fazer isso:
docker ps
docker attach --sig-proxy=false <your-app-container>
Isso também pode não funcionar dependendo da configuração do Dokku.
Editar: Na verdade, a melhor maneira de fazer isso é usar o plugin dokku-apt .