É muito fácil clonar uma partição com o gparted. Inicialize a partir do seu usb inicializável, conecte uma segunda unidade USB que é maior que a partição que você está clonando. Inicie o gparted e simplesmente copie o original e cole no espaço não alocado no segundo drive usb.
Atenção: a unidade clonada terá o mesmo número de UUID que a partição original, portanto não inicialize no Ubuntu no disco rígido com o segundo usb conectado. O Ubuntu ficará confuso sobre qual partição é /