Não está claro o que você quer dizer quando fala em um prompt de root. Muito provavelmente você está dizendo para cair em um prompt do console (onde você vê uma tela preta).
A menos que você tenha instalado algo especial que esteja tentando executar após a instalação do sistema operacional, você não precisa se preocupar com os arquivos na pasta / opt. No entanto, você terá que se preocupar com os arquivos no diretório / usr. A falta desse diretório impedirá a funcionalidade normal.
Se tudo que você fez foi mover o diretório / usr e ele ainda está intacto, você pode entrar no disco live (tente o Ubuntu), montá-lo e mover a estrutura de diretórios de volta para o local original.
Quando você inicializar na opção live cd try, você terá acesso total (o "prompt raiz") incluído.
Você não pode fazer isso do Windows. Mas você pode fazer isso no Ubuntu.