Comandos, especialmente aqueles relacionados a configurações de teclado, mouse e touchpad, ou comandos xrandr, geralmente precisam que a área de trabalho seja totalmente carregada. Se você executá-los simplesmente no log in (usando Startup Applications), eles geralmente são executados cedo demais e quebram.
Portanto, você precisa criar uma pequena pausa antes que o comando seja executado. Use o seguinte comando para adicionar aos aplicativos de inicialização:
/bin/bash -c "sleep 15 && xmodmap /home/seph/Code/Ubuntu\ Scripts/Xmodmap"
Chooes Dash > Aplicativos de inicialização > Adicione e adicione o comando.
Isso deve fazer o truque.