Tente fazer
sudo apt-get install appmenu-gtk appmenu-gtk3 appmenu-qt --reinstall
e reinicie. Pode ajudar, se um dos pacotes for quebrado por algum motivo.
Também é possível que os menus estejam configurados para não aparecer no painel superior, mas na barra de título da janela, que tem foco. Você pode marcar a opção "Mostrar menus para uma janela" em Configurações do sistema - > Aparência - > Comportamento para estar na barra de menu ou na barra de título do Windows.