Você provavelmente encontrou um erro de arredondamento - a ferramenta de particionamento tentou alinhar uma partição a um limite de 1 MiB e acabou fazendo com que ela se sobreponha a uma partição anterior ou seguinte. A maneira mais simples de contornar esse problema é deixar um pequeno espaço (~ 1MiB) antes e / ou depois da partição que você está criando.