Se, quando instalou o 13.10, optou por ter tudo numa partição, então sim, irá apagar a sua pasta pessoal. A única maneira de sua pasta pessoal ser segura seria se você tivesse sua pasta pessoal em sua própria partição separada.
Eu tinha Ubuntu 13. 10, mas recentemente eu atualizei para 14. 04 (manual), compiz começou a me dar um monte de problemas, agora eu quero re-instalar 14. 04, como você sabe, há muitos tipos de instalação, mas eu quero saber se eu escolher "Eliminar o Ubuntu e reinstalá-lo" ele irá apagar todos os meus dados, quero dizer minha partição /home ou apenas a partição / ?
Se, quando instalou o 13.10, optou por ter tudo numa partição, então sim, irá apagar a sua pasta pessoal. A única maneira de sua pasta pessoal ser segura seria se você tivesse sua pasta pessoal em sua própria partição separada.
Você disse "/ home partition", então acredito que você tenha montado / home em uma partição diferente de / (root). Você deveria estar bem. Se você instalou / e / home na mesma partição, então sim, você perderá todos os seus arquivos pessoais.
Quando você estiver passando pela nova instalação, poderá ver suas partições atuais antes de se comprometer com qualquer coisa. Você verá o que está atualmente montado em cada partição no diálogo da partição de instalação. Se você vir um com "/ home", é bom ir.
Você sempre pode usar a ferramenta de backup Deja Dump antes de reinstalar. Isso salvará seus arquivos e configurações pessoais. Apenas certifique-se de salvá-lo em uma mídia externa.