A ambigüidade que você está obtendo é porque quando você clica com o botão direito em uma pasta e verifica suas propriedades, mostra o tamanho que o arquivo / pasta ocupou no disco, ou seja, seu uso de disco e não porque de arquivos ocultos.
No entanto, du
mostra o tamanho do arquivo, ou seja, o número de bytes que o arquivo / pasta possui. Isso é diferente do tamanho ocupado pelo arquivo / pasta devido a blocos de reserva , fragmentação interna e outros parâmetros que dependem do sistema de arquivos.
Para remover essa ambigüidade, use du da seguinte maneira:
du --apparent-size -hs
A partir da página de manual do du :
% bl0ck_qu0te%