Graças à ajuda de thp , resolvi isso.
Acontece que preciso instalar a versão 3.6.1 , que pode ser feita a partir do arquivo .deb aqui .
Isso fez com que ipod reaparecesse como uma opção de dispositivo e, após a reinstalação de libgpod4 com sudo apt-get install --reinstall libgpod4 , minha capacidade de sincronizar com ctrl+s foi restaurada.
Eu também achei que para habilitar o ícone da bandeja do sistema para gpodder no Ubuntu 13.10 eu preciso instalar manualmente appindicator by sudo apt-get install python-appindicator .
Por fim, gpodder --verbose também forneceu o erro No module named eyed3 no meu sistema. Isso pode ser resolvido alterando eyed3.mp3 para eyeD3.mp3 em todos os lugares
%código%.
Agora as lanças gpodder sem erro e eu posso sincronizar meu ipod novamente!
A única coisa que parece estar faltando é a capacidade de /usr/lib/pymodules/python2.7/gpodder/sync.py e sincronizar um único podcast para o ipod.