Acho que sua pergunta deve ser mais apropriada no StackOverFlow, mas para responder em breve:
você poderia conseguir isso usando a rede para comunicar a saída de um programa para outro ou você pode usar uma pasta compartilhada na qual você gera o resultado de um programa e o outro pega essa saída, supondo que esteja executando aplicativos em um programa máquina virtual para cada um.
Outra maneira é rodar o Flower no Windows também, já que ele diz que é compatível para rodar no Windows de acordo com o site: link