Provavelmente houve uma atualização quebrada que incluiu arquivos de dados desnecessários. Sem mais informações, é difícil saber exatamente o que aconteceu.
Por exemplo, o mantenedor poderia ter empurrado a atualização para arquivos gráficos (digamos, imagens de fundo) que incluíram apenas algumas mudanças triviais. Mais tarde isso foi revertido.
Ou na segunda vez, o seu Ubuntu baixou automaticamente parte da atualização e, assim, mostrou apenas 100MB para o tamanho do download.