Sinto muito por fazer uma pergunta tão simples. Para noobs como eu aqui como eu consertei. Eu naveguei para o diretório de usuário de outra sessão de usuário e renomei compizconfig
mv ~/.config/compiz-1/compizconfig ~/.config/compiz-1/compizconfig.old
e quando eu entrei na minha sessão atual, as janelas podem ser vistas.