Eu fiz isso muitas vezes. Ter levado as unidades infectadas de um computador físico e conectei-as à minha máquina Windows para limpar o disco rígido. Enquanto o aplicativo antivírus na sua máquina Windows estiver atualizado, você deve estar bem. Antes de acessar a unidade externa, execute uma varredura. Eu sugeriria tanto o antivírus (eu prefiro o AVG) quanto o MalwareBytes.