Se você instalar a nova versão, ela não substituirá a antiga, pois cada versão usa sua própria pasta, geralmente com o nome do formulário R201?? em /opt/MATLAB/ . O mesmo vale para as configurações, que são mantidas em uma pasta com o mesmo nome em ~/.matlab/ . Desta forma, é possível usar em paralelo duas ou mais versões diferentes do Matlab.
O "comando" matlab é geralmente um link simbólico em /usr/local/bin/ , que aponta para o binário real, por exemplo
/usr/local/bin/matlab -> /opt/MATLAB/R2013a/bin/matlab
Se você deseja iniciar outra versão, digite o nome do caminho completo do executável na linha de comando, por exemplo
$ /opt/MATLAB/R2012b/bin/matlab
Se você quiser apenas usar a nova versão, recomendo desinstalar a versão antiga primeiro. A desinstalação é feita excluindo o diretório de instalação com todo o seu conteúdo e todos os links simbólicos apontando para esse diretório em /usr/local/bin/ . Além de matlab , pode haver, e. mex ou links para outros executáveis. O link que você forneceu diz essencialmente o mesmo, exceto para obter informações adicionais sobre (des) ativar uma licença do Matlab.