Eu baixei a IDE do IntelliJ no seu site. Eu coloquei dentro de /usr/local/bin e configurei meu var PATH e o programa funcionou corretamente. a pasta do programa tem essas duas pastas dentro dele, bin e lib. Eu sei que se eu movesse o conteúdo para o meu /usr/local/bin e /usr/local/lib/ , o programa funcionará. No entanto, será um problema removê-lo mais tarde, porque não conseguirei distinguir seus arquivos do que já estava lá em /usr/local/bin e /usr/local/lib/ . Sei que o centro de software não os mantém em pastas, mas os direciona para /usr/bin , /usr/lib e outras pastas.
Então, minha pergunta é de que maneira devo organizar esse tipo de programa?
Não conserte o que não está quebrado. Não há necessidade real de mover esses arquivos para nenhum lugar. (Ou está lá?) Então, deixe como está.
Se você quiser fazer algo extravagante, crie um pacote deb para poder instalar e desinstalar facilmente.