Quando o Windows está em hibernação, é como se o sistema ainda estivesse funcionando. Quando você inicializa o Ubuntu e copia um arquivo, o Windows não tem conhecimento das modificações que você faz nas costas e ainda assume que a partição NTFS não foi alterada desde que foi hibernada. Na verdade, tudo que você alterou desde então é considerado como corrupção e pode causar sérios problemas na estrutura do sistema de arquivos, mesmo rodar o chkdsk pode ser um risco, pois tentará tornar o sistema de arquivos consistente com a própria visão do Windows e provavelmente achará que isso é diferente.
O NTFS-3g, que é a ferramenta que permite gravar em partições NTFS, deve impedir que você monte uma partição hibernada, como dito em seu manual:
% bl0ck_qu0te%E também tem uma opção para somente leitura neste caso:
% bl0ck_qu0te%