Ele provavelmente não aparece no Nautilus porque você está no /root
, o "diretório home" do usuário raiz, e não no seu diretório pessoal. Use gksudo nautilus /home/$USER/Desktop
e você verá então.
Se não, abra um terminal e digite sudo rm -rfv ~/Desktop/Documents
. (O comando irá excluir permanentemente o arquivo; eu só o aconselho porque você diz que tem um backup seguro dos dados em outro lugar e você realmente não precisa dessa pasta / arquivo.)
O problema é que, quando você copiou o arquivo, o programa ou comando usado estava sendo executado como root e, portanto, o arquivo pertence à raiz. Para mais informações sobre o usuário root, consulte a Documentação do Ubuntu da Comunidade .