Como você não tem nenhuma possibilidade de baixar os pacotes, você pode reinstalá-los a partir do seu CD de instalação / Stick. (Não sei como, mas sei que é possível)
Como alguns de seus softwares podem ser atualizados para 13.10 e alguns ainda são 13.04, isso pode resultar em algum tipo de "sistema híbrido". Para evitar tais problemas, a melhor maneira de fazer isso é configurar o seu PC do zero. (Obtenha um Ubuntu Saucy ISO e instale-o no sistema existente)
Não importa o que você faça, crie um backup de seus arquivos pessoais antes de fazer qualquer outra coisa!