Não há arquivo de configuração.
O gnome-terminal gerencia todas as suas configurações através de dconf (ou gconf em versões antigas do Ubuntu), que é comparável ao registro do Windows. É um arquivo binário otimizado para ler rapidamente seus valores, você não pode editá-lo ou visualizá-lo manualmente como um documento de texto.
Se a sua ferramenta dconf-editor ou qualquer outra que você esteja tentando usar não estiver funcionando, você deverá corrigir o erro primeiro.
Apenas pela perfeição, mas provavelmente você já viu esses links (que mencionam apenas dconf / gconf , é claro):
Como desabilitar o cursor piscando no Gnome 3.8