Corrigimos este problema para o 1.10.5, de modo que na próxima versão, a raiz não será mais necessária, mas enquanto isso ...
Primeiro você precisa instalar o "gksu", que é uma ferramenta para executar um aplicativo gtk como root.
sudo apt-get install gksu
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Você pode editar o iniciador do uGet abrindo o arquivo .desktop como root. Este arquivo está localizado em /usr/share/applications/uGet.desktop
gksu gedit /usr/share/applications/uGet.desktop
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Outra opção é instalar o "alacarte", que é um aplicativo GUI para editar arquivos .desktop.
sudo apt-get instala o alacarte
Ambas as opções exigem que você insira sua senha todas as vezes, mas isso é inevitável no momento.
Poderemos lançar uma versão beta do 1.10.5 em algum momento para testes, quando a correção para isso será testável.