Alguns pacotes no Centro de Software podem ser gratuitos, mas são oferecidos sob uma licença proprietária. Por esse motivo (a licença), eles não são incluídos por padrão nos repositórios apt do Ubuntu.
Quando você instala um desses pacotes através do Centro de Software, ele cria um novo arquivo de origem apt em /etc/apt/sources.list.d/. No caso do Master PDF Editor, ele criará:
private-ppa.launchpad.net_commercial-ppa-uploaders_master-pdf-editor_ubuntu.list
Uma vez que o arquivo tenha sido colocado em /etc/apt/sources.list.d/, você pode usar os comandos regulares do apt / aptitude para atualizá-lo.
Também quero adicionar que fontes como essa geralmente exigem autenticação. Se eles fizerem um comentário, serão colocados no arquivo de origem indicando assim:
$ cat private-ppa.launchpad.net_commercial-ppa-uploaders_master-pdf-editor_ubuntu.list
deb https://private-ppa.launchpad.net/commercial-ppa-uploaders/master-pdf-editor/ubuntu precise main #Added by software-center; credentials stored in /etc/apt/auth.conf
No final, você pode ver o comentário, "credenciais armazenadas em /etc/apt/auth.conf". Esse arquivo armazenará um hash da sua senha da seguinte forma:
$ sudo cat /etc/apt/auth.conf # Needs root to read the file
machine private-ppa.launchpad.net/commercial-ppa-uploaders/master-pdf-editor/ubuntu
login riskable
password someGobbldyGookHash