Nos arquivos do Ubuntu que são abertos por qualquer programa não são manipulados nenhum especial, mas são acessíveis como qualquer outro arquivo. Você ainda pode excluí-los (mas isso só excluirá a entrada do nome do arquivo, os dados do arquivo ainda estarão lá até que o arquivo seja fechado).
Mas, dependendo do programa que está usando o arquivo, o conteúdo do arquivo pode ser inválido ou estar fora de sincronia com o conteúdo de outro arquivo. Portanto, para um backup, geralmente é uma boa ideia certificar-se de que todos os arquivos estejam fechados, a menos que saiba que isso não é um problema. Caso contrário, a restauração do backup pode resultar em um sistema inutilizável ou com defeito.