Se você usa o WUBI, isso é um pouco menos seguro.
Se você fizer uma instalação adequada do ubuntu, pode ser considerado seguro como se estivesse sozinho. Tecnicamente, é possível que um vírus em execução na instalação do Windows faça alterações na instalação do seu Ubuntu. Mas é um trabalho difícil porque o Windows não suporta as partições Linux usadas no Ubuntu, então o vírus tem que conter um driver de sistema de arquivos para essas partições do Linux. Esta é uma situação muito improvável e eu acho que não existe vírus para windows que faz essas coisas.
Então você pode considerar sua instalação do Ubuntu como segura como se estivesse sozinha.