Acho que o Criador de disco de inicialização não funciona bem com o Windows.
Você pode tentar criar o usb via winusb conforme as instruções: Como posso criar um dispositivo USB inicializável do Windows usando o Ubuntu?
Substitui o Windows 8 pelo Ubuntu 13.10 e agora estou tentando instalar o Windows 7 a partir de um USB, mas ele não inicializa. Quando eu escolho inicializar a partir do meu USB, dá um erro:
This is not a bootable device. Insert a bootable floppy and press any key.
O USB foi feito no Criador de disco de inicialização integrado no Ubuntu.
Acho que o Criador de disco de inicialização não funciona bem com o Windows.
Você pode tentar criar o usb via winusb conforme as instruções: Como posso criar um dispositivo USB inicializável do Windows usando o Ubuntu?