Em vez de usar o menu, use os botões da barra de ferramentas do obturador - Seleção, Área de Trabalho, Janela.
Confira a imagem abaixo:
Estou usando o Gnome Shell e tenho dificuldades com o Shutter. Quando eu quero fazer uma captura de tela, abro o menu no painel superior, mas também obtenho esse menu na minha captura de tela.
Existe alguma chance de que o Shutter espere até o menu desaparecer e, em seguida, faça uma captura de tela.
Em vez de usar o menu, use os botões da barra de ferramentas do obturador - Seleção, Área de Trabalho, Janela.
Confira a imagem abaixo: