Esta não é uma resposta adequada. É um bug desconhecido (que não será corrigido) Tente um tema diferente. Tente compilar a esmeralda novamente a partir de uma fonte diferente. Isso acontece apenas com o Ubuntu. Não é para ser visto na minha caixa Arch Linux (estou usando o mesmo tema que você com pequenas modificações). Pode ser Compiz é responsável por isso.