Não há limite para o tamanho da partição casper-rw.
O único limite é para o arquivo casper-rw em uma partição FAT32. O limite de tamanho do arquivo FAT32 é de 4 GB
Uma partição casper-rw pode ser ext2, 3 ou 4.
Além de um arquivo casper-rw em uma partição FAT32, você pode ter um arquivo home-rw, que fornece uma pasta base separada.
As atualizações do programa, etc, serão armazenadas em casper-rw e os dados da pasta pessoal serão armazenados em home-rw
Para fazer um arquivo home-rw renomear um arquivo em branco casper-rw.
Observe que ao inicializar uma instalação persistente do Ubuntu, o primeiro arquivo ou partição casper-rw encontrado é o usado.
Eu nunca encontrei um método para combinar arquivos casper-rw, mas nunca tive um motivo para isso.
EDIT 2016
No momento, as partições persistentes não funcionam mais com instalações do tipo syslinux, como SDC ou UNetbootin. Eles trabalham com uma instalação do tipo grub2, como o mkusb makes.
É possível usar vários arquivos casper-rw, desde que cada um esteja em uma pasta nomeada exclusivamente em uma partição FAT32. Vejo: MultiBoot com várias partições persistentes
EDIT Ago / 2017 - arquivos de persistência > 4 GB
O Syslinux começou a adicionar suporte para o NTFS com a versão 4.06, mas não ofereceu suporte completo até a versão 6.03. Isso permite que arquivos casper-rw sejam maiores que 4GB.