Sim, você provavelmente terá que executar o reparo de inicialização novamente para poder inicializar no Windows.
Instalar o pacote xbutnutu-destop é uma opção melhor se você quiser evitar isso.
Uma vez que você esteja satisfeito de nunca mais querer rodar o gnome ou a unidade novamente, você pode removê-los por esta resposta , mas tenha cuidado para não remover o X.