Eu tive o mesmo problema com o centro de software.
Clique com o botão direito no pacote .deb e selecione propriedades. Clique na aba Open With, selecione synaptic e clique em set como padrão.
Se a synaptic não estiver disponível, você pode instalar o gdebi, que é o aplicativo recomendado para instalar pacotes deb pelo debian. Você pode instalar o gdebi usando o seguinte comando:
sudo apt-get install gdebi
Em seguida, clique com o botão direito do mouse no pacote .deb e selecione propriedades. Clique na aba Open With, selecione gdebi e clique em set como padrão.