Desde que respondi a essa pergunta, cheguei a entender que existe uma diferença distinta entre edição em pdf e anotação em pdf. A anotação adequada é feita usando uma linguagem de marcação de anotação em pdf não intrusiva / não destrutiva que pode ser alterada, reorganizada & amp; limpo / apagado. Então, enquanto xournal e inkscape permitem "anotação", não é nesta linguagem e não é necessariamente não-destrutivo. Ou seja, aqueles que usam outro software podem não ser capazes de lê-lo ou só podem ler a parte que acabou alterando permanentemente o documento. O único software de anotação adequado disponível no linux, ou seja, software usando a marcação de anotação em pdf, é o software DocuTrak (abaixo) executado sob o wine. (A partir de 2015).
Como respondido anteriormente:
Não posso ajudá-lo com o Master PDF Editor, mas usei o PDF Xchange Viewer do DocuTrak, que permite a anotação do documento. É grátis (como na cerveja) e parece que agora eles também têm um "Xchange Editor" (que eu não explorei - talvez eles apenas tenham dividido as funções de edição?): link
É um produto Windows, mas o Visualizador, pelo menos, é um exe independente e é executado sob o wine (o MS Win Compatibility Layer). Você pode encontrar relatórios sobre compatibilidade de software de vinhos em winehq.org. Veja, por exemplo: link
Basta instalar o pacote "wine" e seguir as instruções de lá. Eu me lembro como sendo bem direto.
O único outro software que eu experimentei para edição de pdf (não apenas anotação) no Ubuntu é o pacote pdfedit, mas é um verdadeiro software alpha.