Não há nada quebrado.
Para formatar uma partição, você precisa ter acesso de gravação ao arquivo de partição em /dev . Isso só pode ser feito como superusuário (root). Você deveria ter notado que o GParted pediu sua senha. Neste momento você concedeu as permissões de root do programa.
O Nautilus, ou qualquer outro navegador / gerenciador de arquivos, é executado com permissões de usuário por padrão, para que possa ler e gravar no diretório montado , mas não no próprio arquivo do dispositivo, teria que fazer para formatar a partição. Para executar o Nautilus com permissões de superusuário, abra um terminal e digite gksudo nautilus .