Se o Totem / plugin não fornecer essa opção em Preferências, etc. você pode fazer isso criando uma pasta personalizada em qualquer lugar que você queira (ex. mkdir ~/Videos/Subtitles
) e então, tendo Totem fechado, você pode criar um link simbólico isso:
rmdir ~/.cache/totem/subtitles
ln -s ~/Videos/Subtitles ~/.cache/totem/subtitles