O Windows 7 não precisa de duas partições primárias. Se você estiver particionando seu disco no Windows 7 Installer, ele criará automaticamente duas partições primárias para o Windows. Mas se você mesmo criar sua partição, ainda poderá instalar o Windows 7.
Portanto, se você deseja instalar o Windows em sua partição NTFS, basta inicializar o computador com seu disco USB e escolher a partição ao instalar.
O instalador, no entanto, apagará o GRUB. Se você quiser usar o GRUB para dual-boot (que é uma escolha melhor do que usar o bootmgr do Windows), é necessário reinstalar o GRUB.
Para reinstalar o GRUB, você pode dar uma olhada nesta questão: Como posso reparar o grub? (Como obter o Ubuntu de volta depois de instalar o Windows?)