Eu tive o mesmo problema - por algum motivo, durante a atualização, meu kernel foi pulado, então eu atualizei / instalei manualmente o linux-image-3.16.0-24-generic. Acontece que a maioria dos drivers que você precisa viver no linux-image-extra-3.16.0-24-genérico e você precisará dos cabeçalhos também. Eu estou supondo que você está sentindo falta deles como eu estava.
Então, do seu kernel funcional:
sudo apt-get install linux-image-extra-3.16.0-24-generic linux-headers-3.16.0-24-generic
Depois, você poderá inicializar no 3.16 e seus periféricos funcionarão como esperado.