Não é realmente sobre o apt, mas os pacotes no repositório principal obtêm correções de segurança backported ao longo do ciclo de vida de uma versão do Ubuntu. Portanto, se você se ativer a este software, não precisará fazer nada de especial, exceto as atualizações de instalação à medida que forem disponibilizadas.
As duas únicas exceções que conheço são o Firefox e o Thunderbird, que, em vez de receber correções backported, são atualizadas para uma versão mais recente.
Em outras palavras; o documento ao qual você se refere descreve com bastante precisão o que acontece no Ubuntu.