Encontrado ... está no arquivo ~/.config/user-dirs.dirs
. Mude a linha
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
para
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
Fiz uma reinicialização completa (o relog pode ter sido suficiente) e minha área de trabalho está de volta. Eu também tive que alterar mais algumas linhas nesse arquivo, já que eu havia vinculado alguns dos outros diretórios "especiais".