Acabei de experimentar o mesmo problema exato. Eu também usei ubuntu-13.10-server-amd64.iso e Universal-USB-Installer-1.9.4.8.exe. Estou usando uma unidade flash de 1GB que também funcionou bem com o instalador do ubuntu-13.10-desktop-i386.iso.
Acontece que a UUI 1.9.4.9 foi lançada em 20-Nov-2013, com "Corrigir opções quebradas do Ubuntu Server". no changelog, de modo que responda a sua pergunta sobre onde está o problema. Eu acabei de baixar o Universal-USB-Installer-1.9.5.0.exe e funcionou como um encanto.