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Não é possível entender bem essa pergunta. Use
boot-repair
para corrigir problemas gerais do GRUB. -
Da minha experiência, limpar as partições do Windows nunca influencia o outro SO linux, a menos que você execute coisas delas ou ainda tenha alguns dados confidenciais.
O Windows assumirá o controle da partição EFI de inicialização. No seu caso, acho que é sda1, quando você o instala pela primeira vez. Depois disso, você pode acessar o boot do EFI e modificá-lo para as suas necessidades (isso é o que o instalador do ubuntu fez).
Então, teoricamente, você pode limpar sda2 e 3, mas não sda1, pois isso limpará os dados de inicialização do Ubuntu junto com o resto. Você pode limpar os antigos arquivos efi do Windows a partir do sda1 no ubuntu.
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Eu acho que você poderia usar praticamente qualquer distro semelhante ao Ubuntu na mesma casa (por exemplo, bifurcados, como o Mint).