Existem duas ferramentas de linha de comando disponíveis para o Ubuntu recuperar arquivos apagados em uma partição NTFS:
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ntfsundelete: veja detalhes em esta resposta e em outra resposta aqui.
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testdisk: consulte um guia detalhado do CG-Security
Apenas para mencionar isso, caso você esteja desconfortável com a linha de comando. Existe uma ferramenta gráfica NTFS undelete disponível apenas para Windows.