Você originalmente instalou o Ubuntu no modo BIOS, já que você tem o grub no MBR de proteção. Mas o Boot-Repair converteu sua instalação em UEFI, desinstalando o grub-pc para BIOS e instalando o grub-efi para UEFI.
O Boot-Repair também adicionou entradas de inicialização para o Windows em 25_custom e você e as edita manualmente se os títulos não estiverem corretos. Ele tinha que adicionar novas entradas, pois o grub tem um bug e apenas cria entradas de inicialização do BIOS, mesmo para sistemas UEFI. O novo 13.10 tem um os-prober fixo grub2 que o faz corretamente.
gksudo gedit /etc/grub.d/25_custom
O Boot-Repair também mudou o nome do arquivo do Windows. Rod Smith chama isso de hack, eu acho que é uma solução para BIOS com bugs, mas acho que o Boot-Repair pode estar rodando quando não é necessário. Mas nós não sabemos se o seu UEFI iria alllow inicializar o Ubuntu a partir do UEFI. A renomeação é para aqueles UEFI que somente inicializam o Windows. Então ele renomeia o arquivo shim do grub2 que tem a chave de assinatura da Microsoft para o nome de arquivo do Windows e você inicializa o arquivo efi do Windows a partir do menu grub que tem o bkp no início do nome.
Se você quiser desfazer a renomeação. Mas se você não conseguir inicializar, talvez seja necessário adicionar a renomeação novamente. Pode ser melhor ter backup completo da partição efi.
Para desfazer & amp; Para renomear arquivos para seus nomes originais, basta marcar a opção "Restaurar backups EFI" do Boot-Repair.