Esse é o comportamento esperado. Se você estiver olhando para a unidade que está prestes a desmontar, a janela (ou a guia) desaparecerá, pois a unidade não estará mais nela quando você a desmontar. Sim, é um pouco desconcertante no começo.
Se eu desmontar uma unidade usando o nautilus, o nautilus-window fecha - não sei por quê. Eu acho que é um bug, ou existe uma maneira de mudar esse comportamento inútil do gerenciador de arquivos gnome padrão.
Esse é o comportamento esperado. Se você estiver olhando para a unidade que está prestes a desmontar, a janela (ou a guia) desaparecerá, pois a unidade não estará mais nela quando você a desmontar. Sim, é um pouco desconcertante no começo.