Eu tenho uma situação semelhante em que tenho o Windows no meu disco rígido principal e Ubuntu no outro (obtido por quebrar o RAID). Eu posso escolher entre o Windows e o Ubuntu definindo a minha prioridade de inicialização para o Ubuntu HDD. No entanto, às vezes ele é automaticamente inicializado no Windows sem me dar opções para escolher o Windows ou o Ubuntu (que, acredito, é devido à reinicialização automática da prioridade de inicialização).
Vinu