Ou você pode alterar o ícone padrão do programa que deseja executar? É assim que você faz isso:
Você precisa obter um arquivo de ícone .png que gostaria de usar e copiá-lo para o seguinte diretório
~/.local/share/icons/hicolor/
Este diretório conteria vários diretórios (eles são nomeados após as dimensões do ícone como 16x16 ou 32x32)
Você precisa copiar seu arquivo de ícone .png no diretório correto, portanto, se o problema for 16x16, siga o comando:
cp icon16x16.png ~/.local/share/icons/hicolor/16x16/apps
De lá, você precisaria fazer o seguinte em um terminal:
sudo cp /usr/share/applications/application.desktop ~/.local/share/applications/
Você precisa alterar o application.desktop para o aplicativo do qual deseja alterar o ícone (ou seja, o pidgin se tornaria pidgin.desktop)
Então você precisa editar o arquivo .desktop:
nano ~/.local/share/applications/application.desktop
Procure a linha que diz:
Icon=application (i.e pidgin)
E altere para o novo nome do ícone sem o prefixo .png
Icon=icon16x16
Salve as alterações, faça logout e faça login novamente