Possivelmente, a maneira mais fácil de obter o que você pede é fazer uma instalação sem criptografia e depois configurar a criptografia ad hoc em pastas específicas. A documentação da comunidade sugere encfs para a tarefa. Existe um plugin para integrar o encfs com o Nautilus .
Ecryptfs é uma alternativa que facilita a criptografia específica das pastas iniciais dos usuários.